• Kepala Dinas
  • Sekretaris, membawahi:
    • Sub Bagian Kepegawaian, Umum, Perlengkapan dan Perencanaan
    • Sub Bagian Keuangan
  • Bidang Lalu Lintas Angkutan Jalan, Membawahi:
    • Seksi Operasional dan Pengendalian LLAJ
    • Seksi Keselamatan, Sarana dan Prasarana LLAJ
  • Bidang Lalu Lintas Angkutan Sungai, Membawahi:
    • Seksi Operasional dan Pengendalian LLASDP
    • Seksi Dermaga dan Penyeberangan
  • Unit Pelaksana Teknis Dinas, Membawahi:
    • UPTD Balai PKB
    • UPTD Dermaga Danau Ranau
  • Kelompok Jabatan Fungsional, Membawahi:
    • Pengawas Keselamatan Pelayaran