- Kepala Dinas
- Sekretaris, membawahi:
- Sub Bagian Kepegawaian, Umum, Perlengkapan dan Perencanaan
- Sub Bagian Keuangan
- Bidang Lalu Lintas Angkutan Jalan, Membawahi:
- Seksi Operasional dan Pengendalian LLAJ
- Seksi Keselamatan, Sarana dan Prasarana LLAJ
- Bidang Lalu Lintas Angkutan Sungai, Membawahi:
- Seksi Operasional dan Pengendalian LLASDP
- Seksi Dermaga dan Penyeberangan
- Unit Pelaksana Teknis Dinas, Membawahi:
- UPTD Balai PKB
- UPTD Dermaga Danau Ranau
- Kelompok Jabatan Fungsional, Membawahi:
- Pengawas Keselamatan Pelayaran